拝殿奥の本殿に応神天皇（おおじんてんのう）
左殿に酒解大神（さかとけのおおかみ）、別称大山祇神（おおやまつみしん）
右殿に比売三神（ひめさんしん）
をお祀りしています



若宮社、武内社、天照皇太神宮、気比宮、蛭子社、鹿島社、住吉社、腰掛天神社、稲荷社、他多数



平安時代（７９４〜）の始め、清和天皇が太陽が我が身に宿る夢を見、神のお告げをお聞きになりました
そのお告げとは国家鎮護のため、九州は宇佐八幡宮より八幡神を京へ御遷座せよというものでした
そこで清和天皇は僧の行教にそれを命じます
天皇の命を受け、八幡神を奉じて帰京した行教が山崎の津（当時淀川の航海のために設けられていた港）で夜の山（神降山）に霊光をみました
不思議に思いその地を少し掘ってみると岩間に清水が湧き出したのでここにご神体を鎮座し、社を創建することにしました
貞観元年（８５９）国家安康、国民平安を目的とする「石清水八幡宮」が建立されました
ここは嵯峨天皇の離宮である「河陽宮」の跡地であったため、後に社号が「離宮八幡宮」と改称されました



平安時代〜室町時代
貞観年間、時の神官が神示を受けて「長木」（右図）という搾油器を発明し荏胡麻（えごま）油の製油を始めました
当初は神社仏閣の燈明用油として奉納されていましたが次第に全国にこの業が広まり、離宮八幡宮は朝廷より「油祖」の名を賜りました
また、油座として離宮八幡宮は油の専売特許を持ち栄えてゆきます
諸国の油商人は離宮八幡宮の許状無しには油を扱うことはできませんでした

安土桃山〜江戸時代
平安、鎌倉、室町時代の我が国経済界で貢献し、一時は「西の日光」と呼ばれるほどの壮大な社殿を構え栄華を極めた離宮八幡宮ですが、織田信長の楽市楽座の政策で打撃を受け、さらに菜種油が大量生産されるようになるとこれに市場を奪われ徐々に衰退してゆきます

江戸時代〜現在
幕末の元治元年（１８６４）「禁門の変」（蛤御門の変）では尊皇攘夷派である長州藩駐屯所となり、幕府・薩摩連合軍側の砲撃にあい、被災しました
そのため、水瀬川から円明寺に及んだ広大な神領は兵火で焼け野原となってしまいました　　　消失前の神領絵図

明治９年（１８７６）東海道本線（現ＪＲ）の京都神戸間開通により社地の大半がその用地と化したため、神領の規模が大幅に縮小されました
明治１２年（１８７９）になって崇敬者の寄進により社殿が再興せられ、昭和４年（１９２９）に改築されて今日に至ります
兵火を免れ現存する建築物は「惣門」「東門」（共に大山崎町指定文化財）のみとなっています